Особой сферой деятельности Свято – Алексиевской Пустыни является деятельность научная, культурно-художественная, литературная, направленная на выявление, обнаружение в мире природы, истории Вселенной, истории и культуре человечества присутствия Божественного Логоса, Промысла Божьего и повсеместного присутствия Его Всеблагого и зиждущего Духа.

Эта сверх-цель – обнаружение везде и во всём Богоприсутствия и Божественного Промысла – превращает нашу деятельность из чисто – научной и культурно - художественной одновременно в богословскую и мировоззренческую, дополняя и даже преобразуя науку и искусство в область основного богословия и апологетики, в свидетельство о Боге и Его премудрости и благости.

Сенат (в торжественных случаях – Правительствующий Сенат) учреждён в качестве верховного органа школьного самоуправления учащихся Православной Классической Гимназии Свято – Алексиевской Пустыни.

Настоящее положение составлено как результат консультаций Управляющего Директора с членами Сената. Назначением Сената является привлечение учащихся к активному участию в организации жизни Гимназии, улучшение нравственного климата в детском коллективе, привлечение гимназистов к воспитательной, организационной и иной педагогической и режимно-бытовой деятельности школы. Кроме того, Сенат исполняет функции суда чести и рассматривает дела о серьёзных проступках своих соучеников. Учащиеся во многих случаях гораздо больше видят, знают, а нередко и лучше понимают все недостатки школьной жизни и, будучи облечены реальной властью, лучше могут их устранить, чем члены педколлектива. Суд сверстников часто бывает более справедлив и взвешен, и в то же время более нелицеприятен, нежели нередко поспешный, невнимательный и малоинформированный суд взрослых.

Свято-Алексиевская Пустынь до революции была подворьем Переславского Федоровского женского монастыря и называлась «летней монастырской Пустынкой». Ее земли до 1890 года принадлежали усадьбе Московского Потомственного Почетного Гражданина В.Б. Глинского, который пожертвовал эти земли Федоровскому монастырю (общая площадь земель 141 десятина 1701 сажень).

Кроме того, в 1904 году земли были отказаны по духовному завещанию крестьянина Переславского уезда деревни Щелканки И.Г. Волковым. Общая площадь обеих дач составляла 258 д. 73 с.

Поведение учащихся в Гимназии строится в полном соответствии с Правилами поведения в Обители в целом.

Поведение учащихся должно соответствовать пониманию Гимназии как Храма Наук, в том числе и науки жизненной, которая должна привести к христианскому устроению всех областей повседневной жизни.

Учащийся приходит в Гимназию не менее, чем за 5 минут до начала урока. Опоздавшие обязаны подойти к Инспектору Гимназии или Дежурному учителю и правдиво сообщить о причине своего опоздания.

Входя в здание Гимназии, учащийся осеняет себя крестным знамением в сторону иконы и прикладывается к ней. Мальчики сразу же снимают головные уборы.